Ponekad se desi da bivši poslodavac naknadno izvrši uplatu doprinosa i preda tzv. M4 obrazac nadležnoj filijali fonda, a osiguranik je već sam uplatio staž koji nedostaje. Tada se osiguranik obraća PIO Fondu sa zahtevom za obračun uplaćenih doprinosa, o čemu dobija potvrdu. Sa tom potvrdom i original uplatnicama, osiguranik nadležnoj filijali Poreske uprave podnosi zahtev za povraćaj uplaćenih doprinosa koje je samostalno uplatio.
Pred Upravnim sudom našao se i slučaj penzionera koji je dobio konačno rešenje o penziji, ali je nakon završetka dugog stečajnog postupka nad poslodavcem došlo do uplate doprinosa koji nisu bili obuhvaćeni konačnim rešenjem o penziji. PIO Fond je odbio njegov zahtev za izdavanje novog rešenja sa obrazloženjem da je zakasnio sa zahtevom. Upravni sud je korigovao ovakvu nezakonitu praksu PIO Fonda i naložio PIO Fondu da obručana i prizna novi iznos penzije.
Postupajući po pritužbama građana, Zaštitnik građana je u svojoj praksi identifikovao problem povraćaja više plaćenih iznosa po osnovu doprinosa za penzijsko i invalidsko osiguranje, koje su lično oni uplatili iz sopstvenih sredstava. Naime, prema instrukcijama PIO Fonda građani su uplaćivali doprinose vezujući uplatu za PIB poslodavca, a ne za JMBG zaposlenog. Neuplaćene doprinose je naknadno izvršilo i Ministarstvo finansija iz stečajne mase, što je bio i povod da pritužioci od Poreske uprave zatraže povraćaj više plaćenih doprinosa za penzijsko i invalidsko osiguranje. Kao razlog za odbijanje njihovih zahteva, Poreska uprava je navela da uplate nisu evidentirane preko JMBG zaposlenog, te u poreskom računovodstvu ne postoji pretplata, upravo suprotno od instrukcije koju su dobili od PIO fonda da doprinose uplaćuju preko PIB poslodavca. U ovoj situaciji, Zaštitnik građana je doneo preporuku o potrebi da Fond PIO i Poreska uprava uspostave mehanizam međusobne saradnje i preduzmu mere iz svoje nadležnosti radi sprečavanja sličnih propusta u radu organizacionih jedinica u sastavu tog organa.